NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)- 含 RNA 纯化磁珠--NEB(北京)

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产品资料 - 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 - 适用于所有测序平台/模块和酶

NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)- 含 RNA 纯化磁珠                              收藏

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E7850S

NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)

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NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)

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¥46,619

概述

 核糖体 RNA(rRNA)在细菌样品中含量很高,有效去除才能揭示低丰度转录本的重要生物学意义。由于缺乏 poly(A)尾,细菌 mRNA 的特异性富集具有一定的挑战性,因此,高效、特异性地去除细菌 rRNA 至关重要。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)采用“NEBNext RNase H 法”去除 rRNA,适用于从革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌中特异性地去除 rRNA。该方法对培养的单一菌种或混合菌种(如:宏转录组学),以及完整的和降解的 RNA 都同样有效。
为了方便使用,本试剂盒包含 NEBNext RNA样品纯化磁珠(来自 Beckman Coulter 的 Agencourt® RNAClean® XP beads)。
 

特性

高效、特异性地去除细菌 rRNA(5s、16s、23s)

适用于革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌
对培养的单一菌种或混合菌种(如:宏转录组)都同样有效
起始量范围广:10 ng - 1 μg
适用于低质量和高质量 RNA 样本
超快速工作流程:仅需 2 小时,手动操作时间少于 10 分钟
可提供 NEBNext RNA 样品纯化磁珠(Agencourt® RNAClean® XP)
 

产品描述

 使用 NEBNext®  rRNA 去除试剂盒(细菌)从不同起始量的模拟菌群中高效去除核糖体 RNA。

从 20 种不同细菌的冻干混合物(ATCC® #MSA-2002)中提取总 RNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)去除核糖体 RNA(rRNA),使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。采用 Hisat2 将 Reads 比对到 NCBI 基因组数据库中的最佳匹配菌株混合的参考基因组,并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。绝大多数菌种中,起始量为 100 ng 和 10 ng 时,都观察到缺失了已知的 rRNA 序列。

使用 NEBNext®  rRNA 去除试剂盒(细菌)高效去除单菌种的核糖体 RNA

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)从大肠杆菌和植物发酵梭菌总 RNA(100 ng)中去除核糖体 RNA(rRNA)。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。采用 Hisat2 将 Reads 比对到参考基因组,并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。所有菌种中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列,证明使用 NEBNext®  rRNA 去除试剂盒(细菌)能够高效去除核糖体 RNA。

 

NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒(细菌)从 1 μg100 ng 10 ng 大肠杆菌总 RNA 中去除核糖体 RNArRNA)。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库,并进行 Illumina 双端测序(2 x 75 bp)。采用 Hisat2 Reads 比对到大肠杆菌 MG1655 参考基因组,并采用 Picard ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。起始量 1 μg100 ng 10 ng 的样本中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列,证明:NEBNext®  rRNA 去除试剂盒(细菌)从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA